Esta especie fue descrita originalmente en el año 2016 por los ictiólogos Luis A. Fernández y Jorge Liotta.
[1] Etimológicamente el epíteto específico pachonensis es un topónimo que hace alusión al biotopo donde fue colectada esta especie.
[1] El ejemplar holotipo designado es el catalogado como: MPSZI 1381, el cual midió 58,2 mm de largo total.
[1] De las restantes especies del género Silvinichthys, S. pachonensis es distinguible por diversos rasgos merísticos, morfométricos y osteológicos.
Es la única especie del género Silvinichthys que habita en altitudes elevadas.