También se introdujeron versiones posteriores de la Serie E3 para su uso en los servicios Tsubasa del Yamagata Shinkansen.

[1]​ Al igual que el Shinkansen Serie 400, estos trenes están construidos con un gálibo ferroviario más pequeño que los trenes Shinkansen de la línea principal: el ancho y la longitud de cada coche se reducen para ajustarse al gálibo estructural más estrecho del "mini-shinkansen".

Los juegos numerados de R1 a R16 fueron arrendado por la East Japan Railway Company (JR Este) de la empresa propietaria, Akita Shinkansen Sharyō Hoyū (秋田新幹線車両保有(株), Akita Shinkansen Sharyō Hoyū?

[8]​ Quedaron dos conjuntos operativos, utilizados en los servicios Yamabiko y Nasuno.

[24]​ Según el JR Este, el repintado se realizó para promover el Yamagata Shinkansen.

Se trataba de un tren de seis coches reconstruido a partir del antiguo tren Akita Shinkansen R18[12]​ como un composición para excursiones denominada (とれいゆ, Toreiyu?)

para su uso en el Yamagata Shinkansen entre Fukushima y Shinjo, que entró en servicio en julio de 2014.

[25]​ El trabajo de puesta al día fue supervisado por el diseñador industrial Ken Okuyama.

Se ideó como un tren de excursión para usarse en el Joetsu Shinkansen entre Echigo-Yuzawa y Niigata.

[13]​ El primer coche del conjunto de seis vehículos mostraba la obra del artista Nao Matsumoto, con motivos amarillos y dorados basados en las cosechas, las fiestas y la luz.

Las persianas de las ventanas mostraban imágenes artísticas usando un tinte especial mientras el tren pasaba por los túneles.

La sección de cafetería del coche fue diseñada por Kentaro Kobuke y servía dulces con productos locales.