La primera unidad de la serie E6 que se pudo ver fue el prototipo S12 de preproducción, que fue entregado en junio de 2010 y que JR East utilizó para hacer pruebas en la línea Tohoku y Akita, para asegurarse que todo funcionaría a la perfección para cuando las unidades de producción entrasen en servicio.

El resto unidades entrarán en servicio entre 2012 y 2014.

El Shinkansen E6, junto con el E5, son los trenes resultantes derivados de los experimentales Fastech 360 S y Z. Ambos fueron diseñados por Pininfarina a través de la supervisión de Ken Okuyama.

[1]​ Testero aerodinámico de 13 metros de longitud, 2 menos que la serie E5, que reduce el ruido a la entrada de túneles y las vibraciones en el tren.

Bogies totalmente cubiertos que ayudan a reducir el ruido de rodadura con materiales fonoabsorbentes y cubiertas que existen entre coches, de forma que el lateral del tren presenta una superficie aerodinámicamente lisa al avance.