Aunque su territorio abarcaba todo el oeste de Japón, su misión principal era garantizar la seguridad del sur de Kyūshū, que era considerado el objetivo más probable para la invasión.
Sus fuerzas consistían principalmente en reservistas mal entrenados, estudiantes reclutados y milicias domésticas.
Cuando la bomba atómica fue lanzada sobre Hiroshima, la mayoría de las unidades militares, las armas logísticas y el personal al mando del Segundo Ejército General murieron.
Junto con la 5.ª División, el 59.º Ejército y otras divisiones de combate en la ciudad que también fueron golpeadas, se estima que unos 20.000 combatientes japoneses fueron asesinados.
Sin embargo, el bombardeo atómico terminó con el Segundo Ejército General como una organización militar efectiva para las unidades del Ejército Imperial Japonés en el oeste de Japón.