Como el rey no le pagó por sus servicios, tuvo que vender la nao a unos comerciantes súbditos del duque de Saboya.[47] Durante la navegación por el océano Atlántico los barcos fueron sorprendidos por fuertes tormentas y por un fenómeno meteorológico llamado fuego de San Telmo.[48] Entonces se incorporó a la tripulación un hijo mestizo de Joao Lopes Carvalho, que había tenido en un viaje anterior.[51] Recorriendo hacia el sur la costa de Argentina los tripulantes cazaron lobos marinos y vieron por primera vez pingüinos.[53] Como la expedición no parecía seguir un camino hacia las islas de las especias y permanecían perdidos por tierras frías inútilmente, empezó a cundir el descontento.[56] En este momento, Elcano entró en la San Antonio como maestre y dirigió operaciones en las que se armó al barco con lombardas.[69] Luego Magallanes ordenó que un grupo de hombres, con Joao Lopes Carvalho al frente, desembarcasen y subiesen a un monte para ver si aquello era efectivamente un paso y estos vieron algo de tierra al fondo, por lo que volvieron sin una respuesta concluyente.El piloto Esteban Gómez dijo que los suministros podían no ser suficientes si encontraban al otro lado un gran océano.[74] Luego decidieron seguir adelante enviado como avanzadilla chalupas que iban avisando de si el estrecho continuaba.Estos quemaron cuarenta o cincuenta casas, muchas canoas y mataron a siete nativos, tras lo cual recuperaron el batel.El monarca local, Humabón, le pidió a Magallanes un impuesto por fondear en su puerto pero este se negó y amenazó con la guerra.En 1565 los españoles descubrieron que los nativos habían conservado esta imagen y, en la actualidad, es objeto de mucha devoción en Filipinas.Los nativos no supieron indicarles cómo llegar a las islas de las Especias y Carvalho decidió continuar hasta Borneo con algunos guías locales.[126] Durante su estancia en Tidore les informaron que hacía ocho meses había muerto en la cercana isla de Ternate el portugués Francisco Serrano.Sin embargo, los portugueses podían aparecer en cualquier momento y se decidió que la nao Victoria continuase sola.[132] Se decidió que, cuando la Trinidad estuviese reparada, cruzase el océano Pacífico hasta la región americana del Darién.[133] Elcano decidió continuar con la nao Victoria hacia el oeste, cruzando un territorio concedido a los portugueses en virtud del Tratado de Tordesillas.Los oficiales Francisco Albo y Miguel Rodas opinaban que debían detenerse en las islas Maldivas, pero Elcano se opuso para no caer en manos portuguesas.[140] Atravesaron el archipiélago de las Molucas, con muchas islas, y tuvieron que amainar por las noches para evitar encallar.[144] Probablemente pudieron identificar el lugar porque llevaban copias de mapas portugueses, ya que los españoles jamás habían navegado por ese territorio.[147] En este entorno, donde chocan los océanos formando grandes olas,[147] se toparon con una tempestad que partió el mástil y la verga del trinquete.Llegaron a plantearse echar al mar la carga de clavo para ganar seguridad pero, finalmente, no lo hicieron.[161] La nao continuó hacia la península ibérica y no paró en las cercanas islas españolas de Canarias, pasando al oeste de las mismas, porque en esa dirección estaban los vientos alisios constantes del nordeste y un velero básico no podía seguir esa ruta.[162] Pocos días después el anticiclón de las Azores les dejó sin viento y parados una semana.[177] Estos le debían se pagados por la Casa de la Especiería, recién creada en La Coruña para monopolizar el comercio con las Molucas.Poco tiempo después se separaron la nave Santa María de la Victoria, donde iba Loaísa, y la San Gabriel.Entonces, Elcano tomó el mando de la armada y estuvo buscando durante tres días a Loaísa sin éxito.Tras esto, llegaron las naves Santa María de la Victoria y San Gabriel, así como el patache Santiago.[205][206] En 1922 Agustín Aguirre y José de Azpiroz fueron escogidos para hacer un monumento a Juan Sebastián Elcano en Guetaria.En el centro hay una cruz y una leyenda referida a ella que dice "Esta es la vera figura de nuestra buena ventura".
