Objeto de diversas reformas arquitectónicas a lo largo de su historia y en tiempos modernos víctima del abandono, el resultado actual es un monumento semiarruinado (aunque rehabilitado para su visita) que aúna diversos estilos, destacando los elementos románicos, cistercienses y protogóticos, correspondientes a los siglos XII y XIII.
Al quedar arruinado, el monasterio no pudo acoger los restos de Bermudo II tras su muerte en 999, tal como éste había dejado dispuesto en su testamento y posiblemente fue enterrado en Villabuena.
Esta mudanza supuso la recuperación del verdadero espíritu monacal, perdido en los años en que el monasterio estuvo gestionado por abades comendatarios y sometido al arbitrio de nobles laicos en régimen de encomienda.
En 1929 fue declarado monumento histórico-artístico nacional y está catalogado en la actualidad como Bien de Interés Cultural (BIC).
La Sala Capitular presenta cubierta abovedada tardogótica del siglo XVI, aunque su portada de ingreso es románica.
Se trata de un espacio cuadrangular dividido por cuatro columnas cuyos capiteles están decorados con temas vegetales y animales.
También se muestra una colección fotográfica de Juan Crisóstomo Torbado que recoge el estado del monasterio en 1926.
A esta terraza se accede hoy desde el exterior por una escalera funcional.
Se completa con una gran chimenea y una salida a la huerta por medio de una elegante arquería.
El habitáculo es iluminada gracias a un gran óculo y presenta bóveda nervada rematada en una clave con una figura en mandorla, que parece ser la Virgen rodeada de Tretramorfos.