El relato más antiguo del mito fundacional del santuario es un texto hagiográfico latino compuesto conocido como Liber de apparitione Sancti Michaelis in Monte Gargano (Bibliotheca Hagiographica Latina 5948).
El Gargano, gracias a la fama adquirida por estas apariciones, fue celosamente custodiado por los bizantinos que mantenían el dominio de todas las regiones costeras del Adriático, en particular, las más cercanas a ellos, es decir, Apulia.
En esta fase, el santuario era muy diferente de la forma en que aparece en la actualidad: se accedía a la inmensa caverna cuesta arriba, desde el valle llamado Carbonara, a través de un porche y una galería, literalmente, sobresaliendo en la irregular y profunda cueva.
El Santuario, entre los siglos VI y VII, estuvo fuertemente ligado a la historia de los lombardos, convirtiéndose en su santuario nacional ya que vieron en el Arcángel la figura ideal del dios patrón guerrero.
Mientras tanto, la localidad creció y se amplió, reforzada también por la elevada posición de importancia estratégica.
El emperador Federico II de Suabia (1194–1250) estuvo a menudo viviendo en Gargano con su suntuosa corte.
La leyenda cuenta que en el imponente castillo de Monte Sant'Angelo el «Puer Apuliae» habría generado en 1232 a Manfredo de Sicilia con su entonces amante, la noble italiana Bianca Lancia (con la que se habría casado in articulo mortis).
Fue también el responsable de la presente disposición del santuario (con una valiente intervención que redujo a la mitad la gruta, dejando bajo tierra las antiguas entradas bizantino-lombardas) y del acceso cuesta abajo desde el lado sur, a través de una amplia escalera marcada por grandes arcos laterales.
Encargó asimismo la gran nave, dividida en tres tramos, adosada a la Gruta, en cuyo ábside está el altar barroco de finales del siglo XVII.
En lo que comúnmente se conoce como «Celeste Basilica», ya que no fue consagrada por los hombres sino por el arcángel, por decreto oficial de la Iglesia se ha concedido «para siempre» el privilegio del perdón« angélico».
Unos pocos restos atestiguan aun su decoración al fresco del siglo IX[9] que una vez fue rica.
[10] El campanile, masivo y octogonal, fue construido a finales del siglo XIII por Federico II como torre de vigilancia.
Están divididas en 24 paneles representando episodios de ángeles del Antiguo y Nuevo Testamento.
Monte Sant'Angelo fue un lugar de peregrinaje popular en el camino a Jerusalén; los peregrinos viajaban desde tan lejos como las islas británicas para visitar la «Basílica Celestial».