Era sobrino del papa Pío IV y la Iglesia católica lo venera como santo.

[2]​ Poco más tarde fue enviado a Milán para cursar los estudios humanísticos, donde tuvo como preceptor a Bonaventura Castiglioni, uno de los reformadores católicos milaneses más reconocidos en la historia de la Iglesia.

Era de estatura algo más que mediana, grandes ojos azules, cabello negro, nariz larga y tez pálida.

Un defecto de la lengua que lo hacía precipitarse al hablar, reforzaba todavía más la impresión desfavorable.

[5]​ El trabajo de la correspondencia diplomática era imponente, pero a Carlos le secundaba Tolomeo Gallio,[6]​ antiguo secretario del cardenal de Médicis y luego cardenal.

El cardenal nepote respondió plenamente a las esperanzas de Pío IV.

Su anterior vida como cardenal no era licenciosa, pero tampoco era la del asceta de los años posteriores.

Le atraían grandemente las veladas literarias y para ello refundó en 1560 la Accademia delle Notti Vaticane o Academia de las Noches Vaticanas,[7]​ fundada en el siglo XV por Paulo III y desaparecida en 1549.

El cambio obrado en su espíritu comenzó pronto a manifestarse al exterior.

Pío IV convocó la tercera sesión del concilio de Trento.

Algunos biógrafos han exagerado el papel que desempeñó Carlos Borromeo en aquella asamblea ecuménica, pero no se puede desconocer que, como secretario de Estado, el joven cardenal dirigió la negociación previa y toda la correspondencia entre Roma y Trento.

A partir de 1563 se suavizó la tensión entre Roma y Trento.

[10]​ La Contrarreforma tuvo amplio efecto en la cultura en general y especialmente en las artes.

Para la reunión del concilio provincial, prescrito por Trento, solicitó permiso de Pío IV para ir a celebrarlo personalmente.

Por estas y parecidas medidas, Carlos puede ser considerado como un precursor de la estadística religiosa.

Sus colaboradores y familiares estaban sometidos a una disciplina casi claustral.

Inspirándose en los modelos de san Ignacio, compuso reglas especiales para cada oficio.

De aquella escuela salieron hombres notables que luego desempeñaron altos cargos eclesiásticos: obispos o nuncios.

Intervino activamente en los cónclaves de Pío V y Gregorio XIII para asegurar una elección digna.

Borromeo, que se encontraba fuera de la ciudad, al saber la noticia aceleró la vuelta para tomar las medidas oportunas.

Los lazaretos rebosaban ya de apestados, a los que faltaban no solo los auxilios materiales, sino también los espirituales.

Dormía escasamente dos horas para poder acudir personalmente a todas partes, visitaba todos los barrios alentando el ánimo de los que desfallecían, administraba él mismo los últimos sacramentos a los sacerdotes que sucumbían en aquella obra de caridad.

[21]​ Agotado prematuramente por su trabajo, le acometió una fuerte calentura en una de sus correrías pastorales.

Después de su muerte, se le empezó a tener devoción como un santo.

Dicha devoción comenzó a crecer de tal manera que los milaneses celebraban su aniversario, aun cuando no estaba canonizado.

En un principio, la devoción era privada, pero después de 1601 el cardenal César Baronio escribió que su aniversario ya no debería seguir manteniéndose como una Misa de réquiem, sino que un Te Deum debía ser cantado.

El proceso comenzó en Milán, Pavia, Boloña y en otros lugares.

Se representa al santo en pie con un hábito sencillo, roquete y muceta, con un libro en su mano izquierda y con su brazo derecho en el acto de impartir una bendición.