Durante la contienda jugó un importante papel en el establecimiento de la "quinta columna" en la zona republicana.
Su ámbito de actuación estuvo principalmente en Francia y en otros países extranjeros.
El SIFNE destacó por sus labores de espionaje en la frontera entre Francia y Cataluña y por el control realizado sobre los envíos de armas que arribaban a los puertos franceses en dirección a la zona republicana[6].
[15] En las últimas semanas de la guerra, sus agentes desplegados en Madrid tuvieron un papel fundamental en los contactos con el comandante del Ejército Republicano en la capital, el coronel Casado, y la rendición de los Ejércitos republicanos.
[16] Pero en la inmediata posguerra su papel se vio reducido al de perseguir a todo aquel que fuera opositor al régimen franquista,[17] ya que las Fuerzas Armadas crearon su propio servicio de espionaje, la llamada «Tercera Sección de Información del Alto Estado Mayor» (SIAEM).