Este progreso continuo se vio recién interrumpido en 1667 cuando los quilmes sufrieron su más importante derrota militar a manos de los españoles, liderados en este caso por Alonso Mercado y Villacorta, mediante el sitio a sus principales fuertes.Al llegar no encontraron el algarrobo considerado sagrado que les daba alimento, leña y bebida.[7] Sin embargo, dicha Cédula Real es un documento testimoniado y protocolizado, en la cual se ampararon los indígenas al reclamar la propiedad de su Ciudad Sagrada, como acostumbraban llamarla.[5] La Ciudad Sagrada de los Quilmes fue descubierta aparentemente por Juan Bautista Ambrosetti en 1897, pero, sin embargo, había sido hallada antes por Samuel A. Lafone Quevedo, en 1888.[5] Éste escribió entonces al diario La Nación una serie de cartas, informándole a los periodistas la noticia.Además, en 1893 el asentamiento precolombino fue visitado por Ten Kate, quien observó que las ruinas estaban en muy buen estado de conservación, pese a su antigüedad.Se dice que todas estas pertenencias fueron robadas de las ruinas por Manuel B. Zavaleta, a su vez propietario del museo.[5] Unos años más tarde, en 1911, Carlos Bruch visitó brevemente las ruinas, y estableció que su extensión es de 3 km².[5] Además, describió el material cerámico arqueológico hallado allí, comprado a la directora del colegio El Bañado de Quilmes.Hasta ese entonces el dueño era un terrateniente a quien el entonces gobernador Antonio Domingo Bussi le adquirió 206 hectáreas por medio de la expropiación.[14] En 1977 se empezó a discutir el «proyecto Ruinas de los Quilmes», cuya propuesta era restaurarlas, con criterios principalmente turísticos.[5] El resultado final de este proyecto fue inaugurado hacia 1980, aunque sería un contundente fracaso, dado que no sirvió para proteger el patrimonio, no se lo integró a planes con fines educativos, ni brindó la infraestructura turística planificada.Este asentamiento servía de hogar para las familias quilmes, lo cual no era bien visto por sus vecinos, los Calchaquíes, con quienes tenían cruentos enfrentamientos.La ciudad original incluía asimismo una capilla construida por los españoles con el fin de evangelizar a la población, la cual se estima en cinco mil habitantes.