Es en este tramo fronterizo cuando tiene su origen el río Negro, al recibir por la derecha el río venezolano de Casiquiare (340 km) (que tiene como subafluentes los ríos Siapa y Yatua).Este tramo constituye el borde meridional del parque nacional del Pico de la Neblina y es una importante vía fluvial, que pasa por Aruti, Boa Vista, Santa Isabel de Río Negro, Laranjal, Papera, Vista Alegre, Calanaque, Tomar, Santana, Barcelos, Marova, Taperos, Carvoeiro y Moura, donde el río gira en dirección sureste para ir al encuentro del Amazonas.En este último tramo pasa frente a Prosperança, Fohkz de Jau, Araju, Novo Airao, Maravilha y finalmente, Manaus, donde se funde con el río Solimoes (el nombre del curso medio del Amazonas en esa zona brasileña).La profundidad del río Negro es de aproximadamente ochenta metros.El río recibió este nombre porque parece negro desde la distancia.Se han documentado unas setecientas especies de peces en la cuenca del río, y se estima que el total es de ochocientas-novecientas especies de peces, incluyendo casi cien endémicas y varias especies todavía no descritas.
