[1] El río Unini nace en la parte central del estado de Amazonas, en una zona muy poco poblada entre el río Amazonas, al sur, y el río Negro, al norte.
Discurre en dirección este, en una zona sin ningún asentamiento de importancia.
Al llegar a la localidad de Arati, recibe por la derecha al río Pauni.
A partir de aquí, el curso del río es el límite septentrional del Parque nacional del Jaú, y pasa por las localidades de Pombas, donde recibe también por la derecha el río Papagaio, Samaúma y Prosperança, ya en la boca del río Negro.
El río Jaú discurre por el centro del parque, siendo el límite meridional el del río Carabinani.