Es administrado por el IBAMA (Instituto Brasileño del Medio Ambiente) y de los Recursos Naturales Renovables.

[1]​ Preservar los ecosistemas naturales protegidos contra cualquier alteraciones que los desvirtúen, destinándose a fines científicos, culturales, educativos y recreativos.

La riqueza de la selva tropical y el mayor lago amazónico, el Amaná, son los reclamos del parque.

El clima es húmedo debido a las selvas tropicales, pero la época más lluviosa abarca los meses de diciembre y abril.

En Novo Airão, se debe alquilar otro barco y seguir por el río Jaú hasta el área del parque.

[3]​ Hay varios grupos más pequeños o menos documentados en la zona, cada uno contribuyendo al mosaico cultural de la región.

Estos grupos a menudo enfrentan desafíos relacionados con los derechos sobre la tierra, los cambios ambientales y las presiones externas.

La palabra Jaú, viene del idioma tupí, y acabó nombrando el parque nacional.

En 2006, la comunidad quilombola restante de Tambor, situada en el río Jaú, fue reconocida oficialmente por la Fundación Cultural Palmares, en el Registro n.º 563, Fl.

Hasta el momento están luchando por la demarcación de sus tierras, en un proceso que se encuentra actualmente en los tribunales.

Sin embargo, el régimen de lluvias no es completamente uniforme y presenta variaciones estacionales.

[6]​ Situado en la planicie de la Amazonía Occidental, tiene un relieve plano y altitudes en torno a los 100 m s. n. m. Acompañando los lecho de los ríos aparecen aluviones del cuaternario, formados por arenas, arenas finas y arcillas.

En la parte más elevada, al nordeste del parque, se encuentra una porción de selva densa de submontaña, donde los arbustos más representativos son el Parahancornia amapa, Micropholis guyanensis, Couma guianensis y Holopyxidium jarana.

Hay también el manatí (Trichechus inunguis), la nutria gigante (Pteronura brasiliensis), el delfín rosado (Inia geoffrensis), Alouata seniculus, los micos nocturnos Aotus trivirgatus, el mico de olor Saimiri sciureus y el tapir Tapirus terrestris.

[7]​[10]​ La sobrepesca y la pesca en áreas no reguladas también constituyen una amenaza para los ecosistemas acuáticos del parque.

Esta actividad no solo pone en peligro a las especies, sino que también altera el equilibrio ecológico del parque.

Aunque el parque es una zona protegida, la cercanía con áreas de expansión agrícola hace que sea vulnerable a invasiones y actividades no autorizadas.

El cambio climático puede afectar la biodiversidad del parque, alterando los patrones de lluvia, las temperaturas y los ecosistemas.