Fue encargado por el obispo Diego de Deza —obispo de 1500 a 1504— para colocarlo en la primitiva capilla mayor del templo ubicada en el centro del ábside; pero en 1509 su sucesor el obispo Juan Rodríguez de Fonseca decidió dar una nueva ubicación a la capilla mayor y la trasladó al espacio que estaba ocupado por el coro conventual y el coro se trasladó justo enfrente, al otro lado del crucero.
Se especifica también que debía ser trabajado “a lo romano”[a] siguiendo el modelo del retablo que este artista había hecho para el Colegio de Santa Cruz de Valladolid.
Fue el primer gran retablo español construido y concebido a la manera lombarda cubriendo todo el frente con temas decorativos tallando hornacinas con remate en forma de venera y grutescos en las pilastras que separan cada calle.
Los diferentes pisos se ven separados por frisos a manera de pequeñas cornisas.
[c] El ático es gigantesco; fue añadido para dar más dimensión al retablo de acuerdo con la nueva capilla.
Más arriba, una talla de la Asunción rodeada y custodiada por seis ángeles cuyo manto está hecho con tela encolada.
A ambos lados, ocupando el último piso se colocaron seis bustos femeninos y dos masculinos en pequeñas hornacinas con veneras.
[4] Al agrandar el retablo con dos calles más para la nueva ubicación, el espacio se ocupó con tablas pintadas, contratadas a Juan de Flandes, diez en total porque dos que están colocadas arriba fueron hechas por su discípulo Juan Tejerina (Visitación y Epifanía).
Felipe Vigarny entregó también un Cristo en Majestad rodeado de los Evangelistas que iba destinado a la hornacina alta de la calle central; desechado del retablo, se colocó finalmente en el exterior del coro.
En 1525 este proyecto sufrió cambios y avatares, entre los que se encuentra la retirada de cuatro escudos y el añadido en lo alto de un friso con las cabezas o bustos descrita anteriormente.
En este año se contrató nuevamente todo el dorado y estofado del retablo.
[h] A finales del siglo siglo XVIII y bajo el mandato del obispo Mollinedo se renovó el pavimento de toda la fábrica y se cubrieron los azulejos de la predela con paneles que imitan al mármol y al jaspe, todo decorado al estilo neoclásico propio del momento.