Muchos aspectos de su vida y carrera son ahora desconocidos; ni tan siquiera se sabe dónde nació.
Juan de Flandes realizó durante su periodo español numerosas obras en las que aúna la perfección técnica y el dominio de la composición con una extraordinaria sensibilidad hacia la luz y el paisaje castellanos.
La obra magna del artista para la reina fue el llamado Políptico de Isabel la Católica (pintado en colaboración con Michel Sittow).
Alberto Durero las vio en Malinas hacia 1521 y las comentó elogiosamente.
El retablo mayor de la catedral de Palencia puede considerarse su obra más monumental y ambiciosa, y fue también la última, ya que falleció en esta ciudad dejando el encargo inconcluso.