El retablo de los santos Facundo y Primitivo es una obra realizada por José González en 1720.

[2]​: 101  Inicialmente estaba proyectada la construcción en esta parte de un pequeño recinto circunvalado, destinado a atrio o claustro, que se iba a extender un poco más allá de la cabecera; este espacio recibía el nombre del santo patrón de la seo, San Martín, y en él fueron sepultados numerosos prebendados, varios de los cuales contaban con monumentos o sarcófagos, albergando el resto simples lápidas con inscripciones.

[2]​: 102 [nota 2]​ Cinco de las siete capillas del deambulatorio fueron levantadas siguiendo un mismo diseño, motivo por el que arquitectónicamente son idénticas y tan solo se diferencian en la decoración; las otras dos, ubicadas en los extremos y dedicadas respectivamente a San José (antes a la Anunciación) y a San Antonio, constituyen realmente arcosolios, motivo por el que son diferentes de las cinco capillas restantes además de poseer unas dimensiones mucho menores.

El cuerpo se halla enmarcado por dos pares de columnas abombadas a cada lado sustentadas sobre basas: las exteriores son de mayor tamaño y poseen decoración vegetal además de un anillo en el tercio inferior, mientras que las interiores, idénticas a las exteriores salvo por las dimensiones, se apoyan en netos decorados en el frontal con ménsulas.

El nicho presenta una considerable profundidad y el mismo posee en la zona inferior un arco carpanel apoyado en pequeñas pilastras, sobre el que se erige un sencillo entablamento del que parte otro arco de medio punto acristalado que sirve como transparente de las reliquias de los santos,[1]​: 50  ubicadas en una urna situada en una oquedad del muro de la capilla mayor, en cuyo extremo opuesto se halla la otra cara del retablo.

Esta parte de la estructura, concebida según José Manuel García Iglesias a modo de «horror vacui»,[9]​: 256  posee dos cuerpos y exhibe un marcado barroco churrigueresco el cual combina a la perfección con el estilo gótico del retablo mayor, facturado por Cornielles de Holanda entre 1516 y 1520.

La sección inferior muestra un nicho acristalado que, al igual que el del otro extremo, funge de transparente para las reliquias de los santos, si bien en esta ocasión no hay ninguna talla frente al vidrio que impida la visión de la urna ya que las dos imágenes que la decoran se hallan a los lados, siendo estas tallas nuevamente San Facundo y San Primitivo, ambas de bulto redondo y vestidas acorde a la moda del siglo xviii, obra del taller de Canseco dada su tosquedad.