El retablo de San Juan es una obra realizada por Benito Rodríguez Muxica en 1695.

Esta capilla contó con anterioridad con un retablo, tal vez de estilo renacentista, pieza que sería reemplazada por la actual debido a los cambios introducidos en el cabildo por el canónigo Andrés Ruiz de Salamanca.

[nota 1]​ La obra fue comisionada a Benito Rodríguez Muxica, quien para entonces es posible que estuviese trabajando en la Capilla del Santo Cristo, siendo el artista de gran prestigio para entonces ya que la seo no tenía por costumbre realizar encargos a escultores de bajo nivel o de valía no reconocida.

Primeramente es condición que el maestro que toma esta obra se ha de obligar por escriptura guarentixa y lo mesmo sus fiadores a guardar las condiciones que abaxo irán señaladas y firmadas de dicho Don Andrés de Salamanca, maestro y escribano por delante quien pasare dicha escriptura.

[1]​: 100  En consonancia con lo anterior, la imaginería ubicada hoy día en la estructura tiene muy poco que ver con la primitiva; pese a que este cambio en la iconografía debería constar documentalmente en algún acuerdo, en las actas capitulares no figura ningún dato que explique esta circunstancia, siendo altamente probable que los canónigos dejasen de lado este asunto y trasladasen la total responsabilidad de este hecho a Salamanca, verdadero artífice de la vida artística de la seo entre finales del siglo xvii y principios del xviii.

En lo referente a la imagen de la Virgen del Rosario, a día de hoy perdida, se ignora de qué talla se trataba pese a ser el motivo principal para la creación del retablo; tampoco se sabe si en principio se pensó en destinarla a la presidencia del conjunto y más tarde se decidió disponer una imagen del titular de la capilla, pieza que actualmente preside el retablo y que dada su importancia no fue retirada al igual que el resto.

[1]​: 101–102 En cuanto al sagrario, este es una magnífica obra manierista elaborada por Aymon Pourchelet, cuya labor en Orense está ampliamente documentada, si bien esta es la única pieza de su catálogo que se puede asignar al artista con total seguridad.

Destruida en 1471 tras el asalto llevado a cabo por Rodrigo Alonso Pimentel, conde de Benavente, en su lucha contra Pedro Álvarez Osorio, conde de Lemos, la capilla fue reedificada pocos años después por el cabildo, corriendo Pimentel con todos los gastos.

Estas características guardan un poderoso vínculo con la labor de Canseco ejecutada en la Capilla del Santo Cristo y en otros lugares, dentro siempre de la estética barroca, sobre todo del barroco orensano, y con gran preocupación por llenar los espacios en lo que casi llega a converger en el recargado arte churrigueresco.

El cascarón que cobija los dos cuerpos cuenta con siete gajos, ornamentado cada uno por figuras fitomórficas.

A los lados destacan cuatro columnas salomónicas, tal y como se indica en el contrato, disponiéndose sobre ellas dos resaltes a manera de tarjetones con los anagramas IHS (Jesús) y MA (María), siendo posible que este último lugar fuese el emplazamiento primitivo de la imagen de la Virgen del Rosario.

[6]​: 54 [nota 6]​ La Magdalena se muestra en su iconografía tradicional (el crucifijo que sujetaba con su mano izquierda se ha perdido) y siguiendo el esquema impuesto por Pedro de Mena al igual que otra imagen del siglo xviii ubicada en la Capilla del Santo Cristo, de autor desconocido y procedente de Madrid.

La obra fue tallada por algún maestro del siglo xvii y muestra una vistosa barba resuelta en mechones simétricos.

Anteriormente presidía la desaparecida Capilla de San Lucas, emplazada no muy lejos del coro, situado en origen en el centro de la nave y retirado en 1937, año en que el retablo del trascoro, dedicado a la Virgen del Rosario, fue conducido a la Capilla de San Lucas, la cual ya cobijaba un retablo que fue en consecuencia retirado, pasando la talla del santo a la Capilla de San Juan.

La pieza en sí posee gran valor en lo que a arquitectura se refiere; se estructura en dos cuerpos con tres calles sobre una base en cuya sección central se halla un cajón, elemento normalmente utilizado para guardar los corporales y ornamentado tan solo con dos angelotes simétricos portadores de guirnaldas y una cartela centrando el cierre.

[1]​: 102–104 La capilla es de grandes dimensiones y se encuadra en los últimos tiempos del estilo ojival.

Pieza de cantería fechada en el siglo xv, posee forma semiesférica y se decora en el exterior con numerosas imbricaciones o escamas, destacando un pequeño pie circular moldurado con boceles de gran grosor.

S. Johannis», y el del canónigo Pedro Miguélez «in monumento plano juxta puteum S.

[10]​ Respecto a la puerta de acceso a la capilla, esta sobresale por su estilo ojival y por decorarse con nueve pequeños arcos concéntricos y abocinados que estriban en delgados pilares adosados a los codillos, contrarrestando de esta forma el enorme grosor del muro que separa la capilla de la nave.

[6]​: 74–76  Por último, en esta capilla se conserva el mateano tenante del altar románico de la seo, pieza descrita por José Manuel Pita Andrade en los siguientes términos: