La laguna de Xiloá, por el contrario, parece haberse formado por la explosión del magma en contacto con agua infiltrada en el área, dando origen a un mar o cráter freatomagmático.
Una débil actividad hidrotermal se observa junto a la orilla norte de Xiloá.
Los sismos, sin embargo, son tan frecuentes en la península como en Managua, ya que sus estructuras volcánicas están alineadas con la falla Ticomo - Nejapa - Asososca que se extiende hacia el sur.
Por la misma razón, los suelos son porosos y por tanto muy permeables a la infiltración del agua, tanto que en un sector de la península son irrigados extrayendo agua subterránea.
En el sector noreste se presenta una vegetación de características xerofítica conformada por cardones.
En las partes planas la vegetación natural ha sido eliminada para dar paso a la siembra de pastos para la ganadería.
Las lagunas Apoyeque y Xiloá son también importantes por alojar peces de agua dulce.
Hay también en esta laguna una tortuga (Pseudemys scripta) y una especie de cangrejo (Potamocarcinus).
La escasa fauna acuática vertebrada de esta laguna se debe a su origen geológico reciente.
Hasta la fecha no existen relaciones de importancia con el área protegida.