En la isla además se encuentra el volcán de Momotombito, un estratovolcán de aproximadamente 350 metros sobre el nivel del mar, que le da su nombre al territorio y que es considerado el hermano menor del volcán Momotombo, ubicado en tierra firme.
La isla de Momotombito y su vecina la isla Rosa son verdaderos santuarios de aves acuáticas, especialmente corvejones y patos aguja (Anhinga anhinga).
Estas aves anidan y pernoctan entre el bosque, pudiéndose observar sobre los árboles que les sirven de descanso.
[3] La isla Momotombito, llamada por los indígenas "Cocobolo", por la abundancia de ñámbares fue un santuario arqueológico precolombino.
En 1850 el explorador norteamericano Ephraim Squier descubrió y describió varias estatuas labradas entre sus rocosas laderas.