Sin embargo, en el año 886, León VI el Sabio, quien acababa de convertirse en emperador bizantino, ordenó que sus restos mortales fuesen trasladados a Constantinopla, entregando León VI el cuerpo tiempo después a Carlos II de Francia.
La reliquia permaneció varios años en una capilla situada en la entrada del Puente Sant'Angelo, siendo este el último lugar que debían visitar los peregrinos antes de llegar a la tumba de San Pedro.
Igualmente, cuando se produjo un gran incendio en un bosque cercano al monasterio en 1945, se cree que María Magdalena, mediante la solicitud de intercesión por los monjes Neophytos y Panteleimon, quienes tras verse rodeados por las llamas salvaron su vida al llevar consigo la reliquia, ayudó a extinguir el fuego y salvar tanto el bosque como el templo, ocurriendo un hecho similar en 1947.
Junto a los restos se encontraba, además, un papiro con el siguiente texto: Los huesos de su mandíbula habían sido exhumados antes de la invasión sarracena del año 710 y enviados a Roma.
Respecto a la Santa Ampolla, la misma fue robada de la basílica, resultando desconocido su paradero actual.