Los lazos diplomáticos entre los dos países remontan a la colonización española de las Américas.
Después de la disolución de la Gran Colombia, Ecuador nombró a Pedro Gual como ministro plenipotenciario con la tarea principal de resolver la deuda adquirida mientras formaba parte del sindicato Gran Colombia, así como para establecer relaciones diplomáticas con la República de la Nueva Granada y Venezuela.
Venezuela cortó relaciones diplomáticas con Ecuador tras el golpe de Estado en el país de 1963, que derrocó al presidente Carlos Julio Arosemena, en base a la doctrina Betancourt, la cual establecía que Venezuela no mantendría relaciones con gobiernos surgidos por golpes de Estado.
[3] En 2008 surgió una crisis diplomática entre Venezuela y Ecuador motivado a la muerte de Raul Reyes Ecuador se unió oficialmente a la Alianza Bolivariana para las Américas, una iniciativa de cooperación regional venezolana, en junio de 2009.
Esta acción no solo vulnera los derechos básicos de identidad y consulares, sino que también impide que los venezolanos residenciados en Ecuador ejerzan su derecho político a elegir, una táctica que refleja el miedo del chavismo a la voluntad de sus ciudadanos en el exterior.