[6]​[7]​[8]​ Los gobiernos ecuatoriano y venezolano reclamaron al gobierno colombiano por violar la soberanía del Ecuador al ejecutar allí una operación militar contrainsurgente sin autorización;[9]​ a su vez el gobierno colombiano declaró haber encontrado, en la incursión, computadores que pertenecían al fallecido Raúl Reyes y que comprometen a dichos gobiernos con el apoyo a las FARC.

[10]​ Los gobiernos de Ecuador y Venezuela sostuvieron que mantenían contactos con las FARC como parte de las negociaciones, junto con Francia, para liberar rehenes y avanzar hacia la paz en el conflicto armado colombiano.

[12]​ Las relaciones diplomáticas colombo-venezolanas se vieron afectadas luego de que el gobierno colombiano finalizara la mediación de Hugo Chávez, y la senadora Piedad Córdoba para obtener el acuerdo humanitario.

"El presidente de la República da por terminada la facilitación de la senadora Piedad Córdoba y la mediación del Presidente Hugo Chávez, a quienes agradece la ayuda que estaban prestando".

Este caso, considerado un abuso del gobierno colombiano, fue llevado a la OEA,[20]​ al tiempo que se anunciaron acciones ante las Naciones Unidas y la petición de indemnizaciones para la población afectada.

[21]​ El dirigente de las FARC muerto, estuvo inmerso en 121 procesos judiciales, tenía 57 expedientes por homicidio terrorista, 26 por terrorismo, 25 por rebelión, cuatro por secuestro y nueve por lesiones, además de otras catorce condenas.

Posteriormente establecieron que el guerrillero se encontraba en las inmediaciones de la frontera y comenzaron a seguirlo.

Los estudiantes Ulises Soren Avilés Ángeles, Fernando Franco Delgado, Juan González del Castillo y Verónica Natalia Velásquez, alumnos de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) fueron identificados por el gobierno ecuatoriano como desaparecidos que podrían estar entre los muertos hallados en el campamento de las FARC.

[25]​ Posteriormente, Correa declaró que Colombia había incursionado de manera ilegal en territorio ecuatoriano con el objetivo de bombardear al campamento de Reyes, lo cual rechazó afirmando que "aquí nadie puede entrar a nuestro territorio y menos aún armado, por más que sean fuerzas irregulares o regulares".

[33]​ Chávez afirmó que Colombia pretende convertirse en el "Israel de América Latina".

[37]​ En Venezuela algunos sectores criticaron al presidente Chávez, aduciendo "complicar a la Nación en un problema que no les incumbe, ya que el país ni fue invadido ni agredido".

Y el pueblo venezolano, del que las fuerzas armadas forman parte, lo sabe" y que desea "importar el problema, pero no ha habido ninguna agresión a nuestro país, ni siquiera una amenaza cierta".

Ellos siempre han tenido una posición de que no quieren interferir en el conflicto colombiano", dijo Santos.

Para el gobierno ecuatoriano, las negociaciones para la liberación estaban "bastante avanzadas" y fueron frustradas por la acción colombiana.

[70]​[64]​[71]​ El Gobierno del Ecuador impuso cinco condiciones para restaurar las relaciones con Colombia: Mientras eso no ocurriera, Ecuador no restablecería relaciones diplomáticas con Colombia,[72]​[73]​[74]​[75]​ las cuales terminaron por reanudarse en noviembre de 2010.

[33]​[77]​ Al día siguiente, Colombia afirmó que no movilizaría tropas en respuesta.

[78]​ En la noche del 5 de marzo, día que la OEA expuso su resolución sobre el caso, Rafael Correa, presidente de Ecuador, afirmó que era "Bienvenida la comisión de verificación (...) y luego irían a la citada Asamblea de cancilleres para que haya una condena contundente, porque si no recibe esas satisfacciones Ecuador, sabremos exigirlas por nuestros propios medios, y la OEA y la comunidad internacional por su silencio y omisiones habrán sido las culpables".

Uribe aceptó haber violado la soberanía de Ecuador y pidió disculpas.

Al final del debate, el presidente anfitrión Leonel Fernández tomó el micrófono para solicitar que los presidentes de Colombia, Ecuador y Venezuela se dieran un apretón de manos para terminar con sus diferencias.