Su sucesor como arzobispo, Johannes Magnus, no estuvo en Suecia (se fue a Roma).
Suecia estaba controlada políticamente y militarmente en su totalidad por el parlamento excomulgado con Gustavo Vasa al frente.
En 1525, el sacerdote real Olaus Petri se casó, lo que demostraba el consentimiento del rey para abolir el celibato sacerdotal y allanaba el camino para romper con la prohibición de la Iglesia católica de que los sacerdotes se casaran.
En el invierno de 1526, el rey se ofreció a organizar un coloquio entre Olaus Petri y el profesor católico Peder Galle.
Galle se negó alegando que los asuntos eclesiásticos no estaban abiertos a discusión.
En 1530, el rey abrió una brecha con Roma al nombrar a Laurentius Petri arzobispo de Upsala sin el consentimiento ni la confirmación papal.
La ruptura definitiva entre Suecia y Roma se produjo con la abolición del derecho canónico en 1536, tras el Sínodo de Upsala.
Al principio, no impuso una rígida uniformidad doctrinal, sino que reconoció la autoridad sobre la Iglesia y admitió a un número considerable de hugonotes calvinistas en su reino.
El reinado de Juan III de Suecia entre 1568 y 1592 supuso un acercamiento a la Contrarreforma en Suecia, inspirada por la esposa católica del rey, la reina Catalina Jagellón, que actuó como mediadora en las negociaciones del rey con el papa en Roma para las condiciones en las que Suecia estaría dispuesta a volver al catolicismo.
Sin embargo, el rey añadió a la nueva ordenanza eclesiástica protestante elementos de tendencia católica: la Nova Ordinantia de 1575 y su propia doctrina eclesiástica, el Röda boken (Libro Rojo), de 1576, dos adiciones que introdujeron una postura intermedia entre el catolicismo y el protestantismo, y reintrodujeron muchas costumbres católicas.
Durante el concilio, su abadesa, Katarina Gylta prestó el Juramento Tridentino, y se celebró en la abadía la primera misa solemne católica desde la Reforma.
[11] Las negociaciones entre la pareja real y el Vaticano no llegaron a buen puerto.
Roma no estaba dispuesta a aceptar el catolicismo reformado a cambio de la Contrarreforma y el movimiento en Suecia decayó tras la muerte de Catalina, seguida del nuevo matrimonio del rey con la protestante Gunilla Bielke.