Además, Juan había recibido en dote matrimonial varias plazas fuertes en Livonia, un territorio que ambicionaba Erico.

En junio del mismo año fue encontrado culpable por el Tribunal Supremo de traición a la patria.

En 1567, el rey Erico dio muestras claras de demencia, y Juan fue liberado en circunstancias que hasta la actualidad no están claras, probablemente fue liberado por un sector de la nobleza que pretendía derrocar al rey.

En enero de 1569, Juan III fue reconocido como rey por el parlamento, que había retirado a Erico del trono.

Juan concedió ciertos privilegios a la iglesia católica, en un intento por alcanzar cierto punto de acuerdo entre ambos cultos.

En 1587, Segismundo fue nombrado rey de Polonia, y Juan pudo establecer una alianza política con ese reino.

En 1570, finalizó la guerra nórdica de los Siete Años, iniciada por Erico XIV, que había enfrentado a Suecia con Dinamarca y Lübeck.

Sin embargo, Juan continúo la política expansionista en el Báltico iniciada por su hermano, y se enfrentó en una guerra contra Rusia por el control de Estonia.

Juan III tenía un gran aprecio hacia el arte, y es recordado como el monarca que más construcciones artísticas realizó en Suecia, principalmente de tipo religioso.

El castillo de Vadstena se convirtió en un palacio renacentista que subsiste hoy en día.