Las primeras señales de que este equilibrio se estaba rompiendo se hizo notar a inicios del siglo XX cuando el río perdió su frescura natural, las aguas se tornaron turbias y se comenzaban a ver desechos circulando por el río, desembocando todos ellos en el río Atoyac, de ahí al lago de Valsequillo, para terminar en el río Balsas que conduce toda esta contaminación al Océano Pacífico.

Cuando el río perdió su aroma, el gobierno carecía totalmente de un plan para detener el deterioro, y lo que se hizo fue entubarlo, lo que representó un gran costo, económico, social, cultural pero sobre todo ecológico.

[2]​ Utilizando cromatografía de gases con una columna C18, se pueden detectar sus principales componentes químicos, se encuentran plastificantes del tipo de los ftalatos, pesticidas como el Aldrin, y compuestos policíclicos aromáticos como el trifenilo y el crisano, y su aroma a azufre indica un alto contenido de sustancias reductoras, entre muchos otros desechos inorgánicos.

De acuerdo con lo antes mencionado, es posible puntualizar las diferencias más notables entre el estado prístino y el estado actual de río Atoyac, estando entre éstas: El gobierno poblano intentó limpiar el rio varias veces pero todas han fallado.

Desde 2017 el gobierno poblano intento imponer multas a las empresas que lo contaminen sin resultados.