El curso fluvial del Alseseca se desarrolla por la zona sur oriente desembocando finalmente en la laguna o embalse de Valsequillo.
Actualmente el río atraviesa más de 27 colonias y 2 juntas auxiliares.
Entre 1960 y 1980 varias empresas se colocaron en Puebla (la más importante: Volkswagen), entre ellas varias de textiles optaron por lugares cercanos al centro y se fueron colocando en nuevas colonias como: Santa Bárbara, La Gloria, El Chamizal y el Cristo; colonias al margen del río Alseseca.
Con la nula protección del río y el exponencial crecimiento urbano, varias empresas y ciudadanos arrojaron desechos al río, que poco a poco se convirtió en un cauce de aguas negras.
En la actualidad el río ha disminuido considerablemente su cauce y es utilizado como un «botadero de basura» no legal.