Puerto Calderón tiene su origen en la época romana, incluso hay quien sitúa aquí el Portus Blendium romano[1] que generalmente se localiza en los alrededores de Suances.
También se dice que los amarres que se pueden observar durante la bajamar son de época romana.
En la Edad Media y la Edad Moderna, Puerto Calderón tuvo gran importancia debido a que fue el único puerto «libre» entre San Vicente de la Barquera y Santander: durante esa época estos dos puertos cántabros (y también Laredo y Castro-Urdiales, al pertenecer a la Hermandad de las Cuatro Villas), disfrutaban de un privilegio que impedía embarcar o desembarcar pescado u otras mercancías en los puertos incluidos dos leguas al Este y dos al oeste de ellos.
Este privilegio invalidaba, entre otros, a los puertos de Comillas y Suances, pero Puerto Calderón quedaba fuera de esos límites.
Aquí también se escondieron los submarinos alemanes durante la Segunda Guerra Mundial.