Pese a este primer origen, el puente presenta otras características propias de épocas posteriores, sugiriendo una remodelación producida durante la Edad Media, cerca del siglo XIII.
[3] La remodelación mencionada anteriormente, pudo darse al auge que el puente tuvo durante la Edad Media, debido a la conexión que mantenía con el Monasterio de San Millán de la Cogolla.
[4] A lo largo de los siglos posteriores, fueron varios los señores y monarcas que ratificaron esta concesión, entre los que se encuentran Don Sancho Fortuñones, Fernando IV o Juan Sánchez de Velasco.
Las concesiones mencionadas anteriormente hicieron al pueblo un eje comercial y administrativo de la zona, por lo que los emilianenses decidieron fundar un priorato en Cihuri, al que acudiría un representante con la calidad de prior.
Sin embargo, se construyó finalmente un segundo puente paralelo al del priorato, aguas arriba.
Hoy en día, se encuentra adaptado para el paso de coches y demás vehículos.
[10] Los materiales empleados para la construcción del puente son principalmente piedras areniscas, probablemente obtenidas en la zona.
[3] En cuanto a los otros dos arcos del puente, el situado al margen izquierdo es apuntado y con una sola rosca de dovelas.