El administrador apostólico es el obispo Pedro Alberto Bustamante López.
A la nueva prelatura pasó completamente el vicariato foráneo de Carabaya que incluía Sandia y a también el vicariato foráneo de Alta de Lampa, que incluía Ayaviri y otras áreas cercanas.
El primer prelado de Ayaviri fue el Luciano Metzinger Greff, que fue ordenado obispo en 1964.
En 1971, al ser nombrado secretario general de la Conferencia Episcopal Peruana, renunció a la prelatura.
Desde noviembre de 1971 hasta diciembre de 1991, la prelatura fue confiada a los administradores apostólicos: Luis Dalle y Francisco d’Alteroche.