El resultado final de la eliminatoria fue de 4-1; los campeones del Estrella Roja tenían una plantilla formada por: Saša Obradović, Nebojsa Ilić, Marinković, Jovanović, Lisica, Dejan Tomašević, Vidačič, Alexander Trifunović, Cvetković, Kaličanin y Stojaković.
Al finalizar esa temporada de súper anotador, dio el salto a la NBA.
No obstante pudo finalizar en segunda posición en la votación para ser el Jugador Más Mejorado de la NBA ese año, trofeo que terminó en manos del All-Star Tracy McGrady.
Sus compañeros de equipo Vlade Divac y Chris Webber participaron en el All-Star Game.
En el año 2002, los Kings llegaron a su apogeo junto con un gran Stojakovic, que promedió 21,2 puntos y 5,2 rebotes por partido.
Pedja Stojakovic no cuajó un excelente Play-Off y se quedó con 14,8 puntos por partido.
Peja aportó 11 puntos en 18 minutos, teniendo el privilegio de defender a la leyenda Michael Jordan.
En segunda ronda los Kings enfrentan a Dallas Mavericks, ambos equipos tenían una fuerte rivalidad en el oeste.
En el tercer partido Stojakovic sufrió una lesión que le impidió participar el resto de la serie ante los Mavericks liderados por Michael Finley, Steve Nash y Dirk Nowitzki, aun así los Kings ganaron la serie en 5 partidos.
En las Finales de la NBA, Los Angeles Lakers ganaron su tercer campeonato consecutivo ante New Jersey Nets.
Por segundo año consecutivo, jugó el All-Star Game de Atlanta, con 5 puntos en 13 minutos.
Sacramento comienza la primera ronda de playoffs ante Utah Jazz venciéndolos en el Game 5.
Peja acumuló en esa serie 22,6 puntos por partido con 54,9% en tiros de campo y 57,7% en triples.
Al pasar a la conferencia semifinal, los Kings se ven las caras otras vez con sus grandes rivales de Dallas.
Esta vez los Mavericks aprovecharon una lesión de Chris Webber para ganar la serie en siete partidos 99-112 en Texas.
Al final, después de 31 partidos y promediando 16,5 puntos por partido (lo que reflejaba que Pedja no estaba jugando concentrado), fue traspasado a los Indiana Pacers a cambio del problemático Ron Artest.
Se pensaba que Pedja volvería a su mejor nivel, pero una grave lesión en la espalda le ha dejado disputar tan sólo 13 partidos la temporada 2006-2007, promediando 17,8 puntos y 4,2 rebotes.
Por tanto, habrá que esperar a la temporada 2007-2008 para ver la mejor versión de Pedja Stojakovic.
En diciembre de 2011 anuncia su retirada como profesional, debido principalmente a las lesiones, ya que arrastraba problemas en la espalda y el cuello.