En los primeros años del siglo XVI, la antigua parroquia mudéjar de época medieval comenzó a ser demolida desde la cabecera hacia los pies, y en su lugar se empezó a levantar la fábrica actual, en principio gótica con un gran ábside central y otros dos laterales; después, tres naves de igual altura (Hallenkirche) y dos tramos; unos muros perimetrales con sus correspondientes pilares adosados; unas capillas laterales y unos grandes pilares que sostenían unas bóvedas de crucería, todo en el más estilo gótico final.

Hacia 1560, la obra quedaría interrumpida, pues todos los caudales se dedicarían a la construcción de la Sacristía.

En 1597, el obispo de la diócesis ordenó el levantamiento de un plano, hoy conservado en el Archivo Histórico Provincial de Albacete, donde se señalaba lo construido y lo que quedaba por hacer, es decir, dos columnas más y un cuarto tramo, más la fachada principal y la torre, que no llegaría a levantarse nunca.

En la primera mitad del siglo XX, se demolieron los últimos restos mudéjares que quedaban a los pies del templo y comenzó a levantarse la actual fachada, así como el tercer tramo, con lo que las segundas columnas quedaban exentas.

[cita requerida] Durante la guerra civil, mientras se estaba levantando la fachada principal, y el tercer tramo, el templo fue saqueado y se perdieron numerosas obras artísticas, como el Gran Retablo Mayor, barroco, de inicios del siglo XVIII; numerosas pinturas del siglo XVI y esculturas atribuidas a Salzillo (Dolorosa) o a sus seguidores (Jesús Nazareno, Beato Andrés Hibernón y otras).