A lo largo de la serie, realiza diversas misiones que la Federación Galáctica le encomienda mientras caza a los Piratas Espaciales y su líder Ridley, junto con los organismos parásitos que drenan la energía de los seres vivos llamados Metroids.
Durante siglos, esta extraña raza de criaturas semejantes a aves logró extraordinarios progresos científicos.
Cuando los Piratas Espaciales exterminaron la colonia humana en la que vivía Samus siendo una niña, una pareja de chozos la acogió, y la criaron como si fuese su propia hija.
Sin embargo, al mismo tiempo que su sociedad alcanzaba la cumbre tecnológica, la espiritualidad de los Chozo parecía flaquear.
Horrorizados ante la creciente violencia que reinaba en el universo, comenzaron a replegarse en sí mismos, sacrificando la tecnología en aras de la simplicidad.
Los Chozo hicieron uso de todos sus conocimientos científicos para intentar controlar el poder del Phazon, pero sus esfuerzos fueron inútiles.
En super metroid aparece un chozo aún con vida, se le designa el nombre de "torizo", pero no es más que un engendro robótico camuflado, es necesario vencerlo para escapar con vida de la habitación donde se consiguen las bombas de la morfósera, poco después aparece "torizo dorado" aún con más fuerza en Norfair en la sección de Ridley para conseguir el salto en barrena, en el mismo juego hay un "torizo" más, pero está muerto debido a que le succionaron la energía cuando uno lo toca o le dispara este se hace polvo, se desconoce si este torizo era el más fuerte pero es muy probable ya que se encuentra en una de las últimas habitaciones del juego y en la siguiente habitación hace su aparición el "pequeño" que ahora es muy grande lo que se explicaría porque el "torizo" tenía mucha fuerza.
Pronto se dieron cuenta de su enorme potencial, utilizable con fines militares y energéticos.
Hace mucho tiempo creció entre los Chozo una joven huérfana, víctima del ataque que los Piratas Espaciales lanzaron sobre el vecino planeta K-2L.
El segundo se lanzó a la búsqueda de un planeta que contara con poderosos recursos energéticos.
La investigación dio un salto cualitativo cuando lograron aprovechar todo el poder del Phazon: entonces fueron capaces de crear horrores inimaginables.
Los Piratas Espaciales también transportaron muchas especies a su nave orbital para realizar experimentos con el Phazon en un entorno de gravedad cero.
[22][23] Ridley ha sido derrotado por Samus en numerosas ocasiones, pero reaparece en juegos posteriores de diversas en formas o encarnaciones.
Éstos, ante esta amenaza, lograron apagar al cerebro, pero ya no pudieron seguir viviendo en Zebes ya que no tenían instalaciones ni recursos, y terminaron abandonando el planeta y cambiaron su filosofía: a partir de entonces nunca más intentarían cambiar todo un planeta para satisfacer sus necesidades, sino que vivirían en perfecta armonía con la naturaleza del planeta al que fueran.
Los piratas espaciales descubrieron el gran superordenador abandonado en Zebes y lo pusieron de nuevo en funcionamiento.
Gracias a su inteligencia, el cerebro se alió con los piratas usándolos para sus fines, dándoles la idea de robar metroides y crear un ejército con ellos.
En "Super metroid" el cerebro fue reconstruido y equipado con un cuerpo robótico con grandes capacidades de ataque.
Posteriormente, en "Metroid Prime 3", este tipo de superordenadores fueron construidos y mejorados por la Federación Galáctica.
Este organismo tiene una estructura genética igual a Samus Aran, pero modificada por la presencia del Phazon.
Esta forma de energía también parece haber mejorado la copia del Traje Climático que utiliza.
Sus armas principales incluyen el Lanzamisiles y una variante del Rayo Estándar, que goza de mayor alcance.