La serie sigue dos estructuras argumentales en cada episodio, una trama principal sobre las acciones de Phineas, Ferb y Candace; y una trama secundaria centrada en la mascota de los protagonistas, Perry el ornitorrinco, quien se convierte en el Agente P, un espía secreto que lucha contra el Dr. Heinz Doofenshmirtz, un científico villano que tiene planes de dominar la ciudad pero es siempre atrapado a tiempo por Perry.Mientras tanto, el ornitorrinco doméstico de los chicos, Perry, actúa como agente secreto para una organización del gobierno compuesta por animales llamada O.W.C.A.(«Organization Without a Cool Acronym», en español «Organización Sin un Buen Acrónimo»), luchando contra el Dr. Heinz Doofenshmirtz.Gran parte del humor de la serie se basa en corrientes usados en casi todos los episodios, con ligeras variaciones.Povenmire describe el programa como una combinación de Family Guy y Bob Esponja.Marsh llamó a estos personajes «frescos, atrevidos e inteligentes sin [...] ser mezquinos».La música le ha proporcionado a la serie un total de cuatro nominaciones a los Emmy: en 2008 por el tema del título principal y por la canción "I Is not Got Rhythm" del episodio "Dude, We're Getting the Band Back Together", y luego en 2010 para la canción "Come Home Perry" del episodio "Oh, There You Are, Perry", así como uno por su puntuación.Cada una es escrita en una intensiva sesión durante la producción del episodio, el concepto, la partitura y las letras de las canciones se producen bastante rápido.La secuencia musical de los títulos, originalmente llamada Today is Going to be a Great Day (Hoy va a ser un gran día), interpretada por la banda estadounidense Bowling for Soup, fue nominada para un premio Emmy en 2008.Dan Povenmire atribuye la génesis del programa al crecimiento en Mobile, Alabama, donde su madre le dijo que nunca desperdiciara un día de verano.[9] Al igual que con Povenmire, Marsh pasó sus veranos explorando y tomando parte en varias actividades para divertirse.Povenmire finalmente se retiró y comenzó a dibujar personas en las esquinas de las calles para ganarse la vida, hasta que finalmente fue llamado por Tommy Chong para trabajar en un poco de animación en la película Far Out Man.Los dos se unieron por gustos mutuos en el humor y la música, convirtiéndose rápidamente en amigos.Lo arrancó y llamó a Marsh esa noche para informar: «Oye, creo que tenemos nuestro espectáculo».Los creadores basaron sus diseños de personajes en formas angulares en homenaje a MGM / Warner Bros.el animador / director Tex Avery, agregando formas geométricas a los fondos para la continuidad.Estas cadenas no aceptaron el proyecto, en la creencia de que esta premisa era demasiado compleja para tener éxito.La cadena no aceptó inmediatamente el espectáculo, pero dijo que mantendría a Povenmire al tanto.Un borrador muy básico es construido antes del guion gráfico (storyboard), con poco más que las escenas sugeridas y el diálogo.La serie adopta características artísticas del animador Tex Avery, tales como las formas geométricas integradas en personajes, objetos y fondos.Povenmire y Marsh seleccionan estrellas invitadas, proyectando personas con las que "realmente quieren trabajar".Además, las estrellas invitadas también han incluido a artistas como Tina Fey, Seth MacFarlane, David Mitchell, Jaret Reddick, Clay Aiken, Chaka Khan y Kevin Smith.La participación de O'Brien eventualmente se volvió regular, ya que fue elegido para interpretar a Lawrence Fletcher, el padre de los niños, quien aparece en aproximadamente la mitad de los episodios del programa.También en Phineas y Ferb: Misión Marvel en el inicio cuando Perry destroza la máquina de Doof dice "¿Ya está?Matheson felicitó la escritura y la llamó «una versión animada de Parker Lewis Can't Lose».[14] La revista Variety observó atractivo el programa para todas las edades con su «sentido del humor y la irreverencia».[19] Kevin McDonough de Sun Coast Today criticó el programa por su diagrama complejidad, la acción constante, y «con personajes que pueden hacer casi cualquier cosa».Este logro impulsó la serie a la transmisión televisiva número uno de esa semana para los datos demográficos objetivo.En el episodio "Shawn rescata a Darth Vader", el personaje principal Shawn Spencer (interpretado por James Roday) afirma que aprendió su acento británico del abuelo de Phineas y Ferb (lo cuenta a la estrella invitada Malcolm McDowell).El juego fue aparentemente independiente a los creadores de la serie, Dan Povenmire y Jeff "Swampy" Marsh.El sitio web aparte de tener varios minijuegos, contaba con acceso multimedia y plantillas para imprimir.
El
ornitorrinco
se incluyó en la serie debido a su interesante aspecto.