Hijo de Antonio de Deza y de Beatriz de Guzmán, y emparentado con el arzobispo Diego de Deza y con el cardenal Juan Tavera, quedó huérfano a temprana edad.

Estudió derecho en el Colegio Viejo de San Bartolomé de Salamanca, en el que posteriormente sería profesor.

Fue creado cardenal por Gregorio XII el 21 de febrero de 1578, yendo a residir a Roma.

Finalmente optó por el título cardenal obispo de la sede suburbicaria de Albano en 1600 y murió ese mismo año.

Sus restos, depositados inicialmente en San Lorenzo in Lucina de Roma, fueron posteriormente trasladados a la ermita de Villager y finalmente sepultados en el convento de carmelitas descalzos de Toro, que fue clausurado en la desamortización de 1836.