En el año 1878 se suscitó una cuestión sobre las Letras Dimisorias, con el cardenal de Zaragoza, la cual se elevó a la Sagrada Congregación del Concilio, que la resolvió a favor de Lagüera.

También fue celebrada su negativa y voto contra el «donativo forzoso», en la que demostró que los obispos no podían admitir ni hacer descuentos sobre sus pensiones, sin inferir injuria a los Sagrados Cánones.

Posteriormente, ya en época de la Restauración, se hizo notable por sus escritos contra el catolicismo liberal, que causaron gran controversia.

[1]​ Según su biógrafo, Pedro María Lagüera fue émulo de los obispos reaccionarios españoles Raimundo Strauch y José Caixal.

[1]​ A su muerte, el diario carlista El Correo Español lo definió como «gloria de las más legítimas y puras de la Iglesia española» y dijo que había sido «uno de esos hombres en quienes la revolución ha hallado siempre antemurales donde no pueden hacer mella sus más recios y fieros ataques».