Ya era comendador (por especial licencia papal) cuando fue elegido maestre a los 17 años, en 1545.
Al año siguiente recibió a don Juan de Austria.
Se vio comprometido por la crisis interna que sufría la Orden de Montesa, dividida en facciones, y por las enemistades creadas al promocionar a sus favoritos.
Felipe II, que fue consultado por la Inquisición sobre la conveniencia del juicio, decidió emplear el proceso para dar una lección a la nobleza levantisca, neutralizando a la vez la alianza de los Borja con la familia real portuguesa.
Así quedó incorporada a la corona la última Orden que se mantenía independiente.