Si Felipe II había reinado sin dejarse dominar por intrigas cortesanas y revisando minuciosamente cada aspecto del Imperio español, su hijo Felipe III demostró bien pronto ser su antítesis; tras la muerte del primero en 1598, Sandoval, ya titulado duque de Lerma e instalado como valido del segundo, se convirtió en la mano fuerte que gobernó la monarquía de facto.

La junta tenía por objeto eliminar en un plazo de tres años las desorbitadas deudas contraídas por la hacienda real, para lo cual tenía autoridad para obrar independientemente del consejo de Hacienda.

Franqueza, pasando por encima del consejo de Hacienda, falseó las cuentas y las presentó ante el rey como un éxito.

Temiendo ser descubierto, durante los días siguientes Franqueza se dedicó a destruir la documentación que pudiera involucrarle en los negocios conjuntos con Ramírez, e intentó ocultar su fortuna dispersándola secretamente por diversos puntos de España, mientras seguía con su vida cotidiana.

Los jueces señalados para la causa, Fernando Carrillo por la parte de hacienda y Fernando de Acevedo por la inquisición, presentaron contra él 474 cargos por cohecho, fraude y falsificación.

En un principio el acusado se negó a contestar a los cargos, aduciendo que le habían llevado los documentos necesarios para su defensa, pero el tribunal rechazó devolvérselos; poco después, parte de éstos documentos fue sustraída del despacho del presidente de hacienda, sin que llegara a saberse quién había sido el responsable del robo.