En 1601, cuando su hermano Juan Bautista renunció a la canonjía de Toledo, le sucedió Fernando.

Durante su estancia en la ciudad se graduó de licenciado en cánones y leyes.

Con dispensa del papa Paulo V para ausentarse de la archidiócesis, marchó a Madrid.

[7]​ Por aquel entonces España atravesaba el periodo conocido como la Pax Hispánica: firmadas las paces con Francia, Inglaterra y las Provincias Unidas, el Imperio español (en unión con Portugal) era la primera potencia mundial, en cuyos territorios seguía sin ponerse el sol, y la corte de Madrid su centro neurálgico.

Otra cosa era la situación financiera, demográfica, política, social y moral del país: Durante su etapa en la presidencia afrontó la ampliación y mejora de la Plaza Mayor de Madrid y la construcción del puente de Leganitos, eliminó la tasa sobre el pan, desempeñó el gobierno del reino durante el viaje de Felipe III a Portugal en 1619 y su posterior enfermedad, atendió las necesidades económicas del reino, que incluían la recaudación de nuevos impuestos y la acuñación de moneda,[8]​ y junto con Bernardino de Velasco, estudió los problemas que planteaba el regreso de los moriscos expulsados en 1609.