Por ello, el rey Enrique IV lo nombró capitán general en la guerra contra Navarra (1461-1462) y, más adelante, le confió los asedios de Soria, Viana y Torrejón de Velasco, recibiendo en recompensa el señorío de esta última población.

Las familias de la alta nobleza, con la excepción de los poderosos Mendoza, sus aliados los Arias Dávila y otros, estaban en abierta sublevación contra el rey, al que llegaron a deponer en la famosa Farsa de Ávila, e incluso cuestionaban la paternidad de la hija heredera del rey, la princesa Juana, mal llamada la Beltraneja.

Con este fin, convencieron al débil y voluble monarca para que pusiera en prisión a Pedrarias.

Este episodio motivó que el poeta Juan Álvarez Gato pusiera en boca de Pedrarias unas célebres coplas dirigidas al rey con versos como los que siguen: Como consecuencia de este comportamiento de Enrique IV con los pocos leales que le quedaban, Pedrarias y su hermano Juan, el obispo de Segovia se pasaron al bando del príncipe Alfonso, al que entregaron la ciudad de Segovia.

Estuvo casado con María Ortiz de Cota, con la que tuvo ocho hijos: