Esto fue posible por recomendación al rey y al papa de su tío Alonso I y de las peticiones al papado Romano del rey Enrique IV de Castilla.
El intento familiar de pagar un rescate por Alonso II con dinero y joyas de la catedral santiaguesa provocaría un gran escándalo y un destierro de diez años; para que lo cumpliera hubo un intercambio de sedes entre Alonso I y Alonso II en 1465 todo ello complicado con la Revuelta Irmandiña (1467 - 1469).
Recibió el título honorífico de Patriarca de Alejandría lo que lleva a que se le cite en numerosas fuentes como Fonseca el Patriarca o simplemente como el Patriarca.
Falleció en Coca y en su parroquia se encuentra el siguiente epitafio:
La frase El que se fue de Sevilla, perdió su silla se refiere a este arzobispo, cuando su sobrino Alonso de Fonseca y Acevedo no quiso devolverle la sede para volver a Santiago de Compostela.