HB votó junto con los ediles del PNV a favor del candidato socialista a la alcaldía de Pamplona, Julián Balduz Calvo.[3] A pesar de las críticas, Zabaleta continuó militando en HB y su heredera Euskal Herritarrok ('Ciudadanos Vascos') y siguió siendo su cabeza de lista en Navarra, lo que justificaba aludiendo al pluralismo que debía existir dentro de la izquierda abertzale.Dos años más tarde, en 1999, formó de nuevo parte del equipo de abogados que logró que las sentencias dictadas por dicho Tribunal fueran anuladas por el Constitucional.Aralar tuvo varios enfrentamientos con la dirección de la organización.Ese mismo año se produjo un enfrentamiento más grave, al romper ETA la tregua unilateral que venía manteniendo desde hacía un año.[3] Patxi Zabaleta fue elegido coordinador general de Aralar y en las elecciones al Parlamento de Navarra de 2003 —en las que Batasuna no pudo participar al haber sido ilegalizado— encabezó la candidatura del nuevo partido, que logró 24.068 votos (8,02%) y cuatro escaños.Aunque la formación logró ser la tercera fuerza política de la comunidad foral, con 49.827 votos (15,41%), perdió cuatro escaños quedándose en ocho.[11] En noviembre de 2014 se celebró el VI Congreso de Aralar, en el que Rebeka Ubera fue elegida secretaria general, sustituyendo en el cargo a Patxi Zabaleta que fue designado presidente honorífico.
