De esta manera, el PH se constituyó como el primer partido chileno que no surgía como una escisión de otro partido preexistente, ya sea por razones doctrinarias o caudillismos.

[12]​ Estas y otras actividades resultaron en medidas represivas contra sus dirigentes, como ocurrió con Guillermo Garcés, quien fuera relegado a Calama, en el norte de Chile.

[13]​ Cuando comenzaron las negociaciones para reunir a todos los opositores a la dictadura militar encabezada por Augusto Pinochet, el PH se suma a dicha iniciativa, de la que finalmente surge la Concertación por el NO, coalición a la que se suma también, en 1987, otro partido formado por un grupo de miembros de la Comunidad para el Desarrollo Humano: el partido Los Verdes o LV, primer partido chileno que impulsa la discusión de materias medioambientales.

Los Verdes fue fundado, entre otros, por Andrés Koryzma, Ana L'Homme y Mario Aguilar.

Su candidatura fue rechazada por los otros partidos (solo con candidatos varones) pues Rodríguez tenía menos de 40 años, edad exigida por la Constitución.

En 1991, el Partido Humanista se fusiona legalmente con Los Verdes, pasando a llamarse Alianza Humanista Verde o AHV.En 1992 participan en las primeras elecciones municipales del retorno a la democracia, obteniendo 15 electos (Pablo Vergara en Ñuñoa, Chofik Sade en Maullín, Efrén Osorio en San Bernardo, Marilén Cabrera en La Florida, Pedro Gallardo en Putaendo, Sergio O´Nell en Arica, Sara Campos en La Reina, Mario Aguilar en Macul, Leonardo Guerra en Peñalolén, Ana L`Homme en Quinta Normal, Pamela Pinto en San Miguel, Andrés Koryzma en Santiago centro, Eduardo Roa en Graneros, Darío Poblete en Olivar, y Humberto Delgado en Pudahuel.

[cita requerida] Casi un mes después de estas elecciones, Laura Rodríguez fallece.

En 1993, la AHV decide retirarse de la Concertación y con ello del Gobierno por consideraciones políticas, junto al MAPU y a la Izquierda Cristiana, siendo los únicos grupos automarginados del conglomerado.

Los magros resultados electorales obligan a la re-legalización del partido, ahora simplemente denominado PH.

[cita requerida] La afirmación pública nunca fue desmentida por los partidos de gobierno y perjudicó la imagen del PH.

[cita requerida] En la elección presidencial del año 1999, su candidato Tomás Hirsch obtuvo el cuarto lugar con un 0,5% de los votos.

En el año 2002 resulta elegida una nueva Directiva encabezada por Efrén Osorio como Presidente y Marilén Cabrera como Secretaria General.

Un notable aumento, considerando que en las municipales 2000 solo logran elegir un concejal, Efrén Osorio, quien en 2004 postula como alcalde de esa comuna pero pierde la elección.

Marilén Cabrera, chilena de origen quechua, se transforma en la nueva presidenta del PH.

En marzo de 2009 asume una nueva directiva, electa en los comicios internos del mismo mes.

Hasta ese momento el Partido Humanista había proclamado como su abanderado presidencial a Jorge Arrate (candidato oficial de la coalición Junto Podemos Mas).

Los cargos de "presidente" o "secretario general", entre otros, se mantienen exclusivamente para cumplir con las exigencias legales, pero sin jerarquías internas.

Para la elección presidencial de 2013 el partido apoyó con su legalidad al candidato independiente Marcel Claude, la campaña se tituló "Todos a La Moneda", agrupó a diversos colectivos y movimientos alternativos.

Así mismo es integrado por Tomás Hirsch, Efren Osorio, Marilén Cabrera, José Gabriel Feres, Adrián Barahona, Eliana Rojas, Francisco Córdova, Joaquín Arduengo, Martin Ristempart, Ricardo Georges y Lorena Colivoro.

Este éxito electoral fue acompañado con la sorpresiva votación alcanzada por Beatriz Sánchez, quien obtuvo más del 20% de los votos en las elecciones presidenciales.

[28]​Luego de unos meses, quienes renunciaron al partido lanzaron una nueva colectividad llamada "Acción Humanista".

En la declaración entregada por el partido se agrega que "En esta disyuntiva presidencial, como humanistas decidimos apoyar a Gabriel Boric y con ello detener una posible presidencia de la ultraderecha".

[39]​[40]​ Pamela Jiles no fue parte de los militantes que participaron este proceso.

La diputada Pamela Jiles se retiró del congreso mientras se realizaba la ceremonia, hecho que causó polémica y fue duramente criticado por el diputado y secretario general del PH, Hernán Palma, mediante un comunicado, en el que además aclaró que él es la única diputación del partido, ya que la diputada Jiles se había distanciado del movimiento y no estaba afiliada en la colectividad.