El Panathinaikos Fútbol Club es junto al Olympiacos el equipo de fútbol de Grecia con más participaciones en torneos continentales organizados por la UEFA, donde su primera participación se dio en la Copa de Europa 1960-61 en la que fueron eliminados en la primera ronda por el FC Hradec Králové de Checoslovaquia.
El éxito más importante del Panathinaikos fue su participación en la final de la Copa de Europa 1970-71, la cual perdieron ante el Ajax Ámsterdam de los Países Bajos.