Sin embargo, previa a la fusión, una escisión interna de Euskadiko Ezkerra fundó Euskal Ezkerra, que tuvo una corta trayectoria de acercamiento a Eusko Alkartasuna.En octubre de 1997 se celebró el III Congreso del PSE-EE en el que Ramón Jáuregui fue sustituido por Nicolás Redondo Terreros al frente del partido.[8] Tres meses después se firmaba el Pacto de Estella por parte de todas las fuerzas políticas y sindicales nacionalistas vascas (más Ezker Batua) y unos días después ETA anunciaba una tregua.[9] Puesto que ocho dirigentes de esa formación política ilegalizada comparecían esos días en la Audiencia Nacional imputados por integración en banda armada y amenazas terroristas, López pidió a los jueces que tuvieran en cuenta "la actual situación del País Vasco".Debido a la ilegalización de Batasuna y de las formaciones que fueron consideradas como sus tapaderas, los votos a Demokrazia Hiru Milioi se contaron como nulos, con lo que la llamada izquierda abertzale tradicional quedó sin representación en el Parlamento.El PSE-EE es actualmente la tercera fuerza política en el Parlamento Vasco, por detrás del Partido Nacionalista Vasco (PNV) y de la coalición Euskal Herria Bildu.Ha sido en una ocasión la fuerza con más escaños (en las elecciones autonómicas de 1986), aun siendo la segunda en votos.No obstante, fue desbancado por el PNV con la ayuda de Eusko Alkartasuna (EA) y Ezker Batua-Berdeak (EB) en Guipúzcoa y por PNV, EA y Aralar en Álava, en los cuales, al igual que en Vizcaya, el Diputado General fue del PNV.En cuanto a concejales, consiguió 339 concejales en los ayuntamientos vascos, siendo la segunda fuerza política en número de ediles por detrás del PNV, con 1.024 concejales y superando a Acción Nacionalista Vasca por 2 ediles (ANV obtuvo 337, al no contarse los votos recibidos por las candidaturas impugnadas).Gracias a este reparto de escaños, y a un pacto con el Partido Popular del País Vasco, Patxi López fue elegido lendakari y formó gobierno.[17] Destacan los casos de Ayuntamientos realmente relevantes San Sebastián, Rentería, Andoáin y Lasarte-Oria; En Vizcaya perdió feudos tradicionales como Basauri, Sestao o Valle de Trápaga, mientras que en Álava perdió la capital, Vitoria, que pasó a manos del Partido Popular.[17] En las elecciones al Parlamento Vasco de 2012, el PSE-EE pasó a ser la tercera fuerza en votos y escaños (212.809 votos y 16 escaños), tras EAJ-PNV y la coalición EH Bildu, marca electoral de la izquierda abertzale, que había regresado a la contienda electoral una vez aceptada la legalidad.Álava fue la única provincia en la que el PSE-EE consiguió superar a EAJ-PNV como partido más votado.En el VII Congreso del PSE-EE, celebrado en febrero de 2013, Patxi López resultó reelegido secretario general, con el 88 % de los votos.21 Desde la oposición, los socialistas vascos alcanzaron un acuerdo con EAJ-PNV para luchar contra la crisis, defender los servicios públicos, impulsar una reforma fiscal y afrontar una reforma del entramado institucional.El 1 de octubre de ese año, el 8.º Congreso del PSE-EE eligió a la nueva Comisión Ejecutiva de Euskadi, la segunda encabezada por Idoia Mendia, con un respaldo del 85,60%, 4,55 puntos superior al recabado en el Congreso Extraordinario se 2014, que fue del 81,05%.
