Estudió Derecho y Ciencias Económicas en la Universidad Comercial de Deusto.

Almunia fue el responsable de economía del sindicato socialista UGT entre 1976 y 1979.

Almunia fue desde entonces y hasta 2004, diputado socialista por la Circunscripción electoral de Madrid.

Dimitió del cargo tras la mayoría absoluta lograda por el Partido Popular, dejando el PSOE en manos de una gestora presidida por Manuel Chaves, que se llamó Comisión Política, la cual organizó el XXXV Congreso en el que José Luis Rodríguez Zapatero fue elegido secretario general.

Fue director del Laboratorio de la Fundación Alternativas, pero fue sustituido por Juan Manuel Eguiagaray.