A partir de 1895, fue designado comandante del Pontón Chetumal, que tenía por objetivo establecer una aduana y ejercer la soberanía en la desembocadura del Río Hondo, en la Bahía de Chetumal.

El pontón se construyó en Nueva Orleáns, Estados Unidos, y llegó a la desembocadura del Río Hondo el 22 de enero de 1898.

[cita requerida] El objetivo de Othón P. Blanco incluía también lograr un asentamiento permanente con la población mexicana que algún día había habitado aquellas regiones y otros sitios, como Bacalar, pero que por los ataques de los mayas había huido a Honduras Británica (ahora Belice).

Para lograr su propósito, se puso en contacto con ellos y logró que aceptaran establecerse de nuevo en México, al amparo de la nueva guarnición militar.

Firmó los tratados de Teoloyucan representando a la Armada del régimen huertista, ya que no se sumó al movimiento constitucionalista.