La mayor parte de su curso (115 km[1]​) marca la frontera entre Belice y México.

Los parámetros ambientales que describieron mejor la alteración existente entre la organización y la abundancia de los peces en el río Hondo fueron: la anchura del río, la distancia a la boca, la transparencia, la profundidad, la concentración de oxígeno disuelto y la conductividad.

El río Hondo es la mayor corriente superficial permanente de la península de Yucatán, cuyo suelo es demasiado permeable para retener el agua, que en su mayoría trasmina, formando ríos subterráneos y cenotes.

Cabe destacar que este río se caracteriza fundamentalmente por poseer un gran porcentaje de especies endémicas procedentes de las familias Poeciliidae y Cichlidae, así como muchas otras especies marinas que habitan y viven en agua dulce.

La Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio) declaró a este río en 1998, como Región Hidrológica Prioritaria Núm.