Se trata de un ordinariato militar latino, inmediatamente sujeto a la Santa Sede.
La sede del ordinariato militar se encuentra en la Colonia Las Mercedes en San Salvador.
Esa organización fue establecida en 1736 por el papa Clemente XII a instancias del rey Felipe V, mediante el breve Quoniam exercitibus, estableciendo la capellanía mayor y posteriormente uniendo ese cargo al patriarca.
En 1764 el papa Clemente XII dictó el breve Apostolices benignitates, por el cual declaró súbditos de la jurisdicción eclesiástica castrense a cuantos militares estuviesen bajo las banderas del rey por mar y tierra.
[7] Cada ordinariato militar se rige por un estatuto propio emanado de la Santa Sede y tiene a su frente un obispo ordinario nombrado por el papa teniendo en cuenta los acuerdos con los diversos Estados.