[3]​ Con el terremoto de 1566, la capilla se volvió a levantar con mejores materiales y estructura.

La nueva versión del templo fue inaugurado el 10 de abril de 1588 siendo dedicado a Nuestra Señora del Rosario, aunque comúnmente se lo conoce hasta la actualidad como Santo Domingo por su relación con los padres Dominicos.

[4]​[5]​ En posteridades la iglesia recibiría remodelaciones de Adolfo Dueñas hacia el siglo XIX.

El remate del altar tiene cuatro ángeles que representan las virtudes cardinales que a su vez sostienen el lienzo de San Sebastián (Patrón del claustro) obra de Pedro Tello.

Como ejemplares de lo resguardado se encuentra: Ambas se ubican en la bóveda del museo junto a las conocidas custodias de orfebrería payanesa y otros objetos valiosos que no pueden exhibirse al público sin estar fuertemente custodiados, debido a su incalculable valor material y cultural.