Entre 1680 y 1720 se produjo lo que el historiador francés Paul Hazard llamó en 1935 La crisis de la conciencia europea, un período decisivo de su historia cultural ya que durante el mismo se pusieron en cuestión los fundamentos del saber hasta entonces admitido gracias a los trabajos de John Locke, Richard Simon, Leibniz, Pierre Bayle, Isaac Newton, etc.
Como ha señalado François López, citado por Mestre y Pérez García, "no faltan en él ni la condena sin ambages del escolasticismo, ni la esperada mención de Descartes, ni los elogios prodigados a los que, rechazando la filosofía aristotélica, consintiendo más en palabras y distinciones quiméricas que en cosas physicas y reales, se dedican al verdadero conocimiento de la naturaleza y cuanto la compone, atendiéndose a los criterios del más docto científico de Europa, como yo juzgo serlo el admirable Gassendo".
Diez años después, tras varios intentos de crear una academia que defendiese la nueva ciencia, se fundó en casa del doctor Peralta la que en 1700 se llamaría Regia Sociedad de Medicina y otras Ciencias gracias a un privilegio otorgado por el rey Carlos II.
[10] La llegada de la nueva dinastía borbónica no aportó ningún cambio importante en el terreno científico, excepto la mayor centralización que supuso la creación de la Real Biblioteca y la Real Academia Española.
La suerte que corrieron fue muy desigual, siendo algunos de ellos proscritos y alcanzando otros éxito social e institucional.
La clasificación no se usa extensamente, entre otras cosas por la dificultad de etiquetar a novatores que, por edad, serían de una generación aún anterior, como Juan Caramuel o José Zaragoza (nacidos en 1606 y 1627); o intermedia entre la primera y la segunda, como Tomás Vicente Tosca (nacido en 1651).
Por otro lado, el representante más destacado de la primera Ilustración en España, Benito Jerónimo Feijoo (nacido en 1676), por edad es más cercano a los novatores de la segunda generación que a los primeros ilustrados.
Hubo núcleos novatores en distintas ciudades,[22] aunque destacó especialmente el de Valencia.
El movimiento tuvo como primera labor la renovación de las ideas y las prácticas científicas existentes.
[25]El ambiente intelectual valenciano continuó caracterizándose por un incremento progresivo en la exigencia crítica, enlazando a los novatores con los primeros ilustrados valencianos, especialmente Gregorio Mayans; y diferenciándoles de otros, concretamente de Feijoo, del que explícitamente se distancian.
[26] Se había producido un movimiento similar en Zaragoza entre un grupo de médicos, iniciado en 1677 por Juan Bautista Juanini y José Lucas Casalete.
[30] La figura más destacada del núcleo de novatores sevillanos fue el murciano Diego Mateo Zapata (Verdadera Apología, 1690) que defendía la medicina racional y filosófica.
Terminó procesado por la Inquisición, que también prohibió su obra Ocaso de las formas aristotélicas (1745, editada póstumamente y traducida a varias lenguas).
En México destaca Juan Benito Díaz de Gamarra y Dávalos (1745-1783), que publica sus Elementa Recientioris Philosophiae / Elementos de Filosofía Moderna, México, 1774 y Errores del Entendimiento Humano, Puebla, 1781.